目前中国碳市场面临的一大问题是初期交易碳价可能过低，以及由此导致的减排效果不明显。蒋兆理提到，为了给企业一些适应的时间，预期碳市场启动初期的配额分配会相对宽松，相应的，碳定价在市场启动初期预计在30元每吨左右。这一预测低于目前北京和深圳试点碳市场40-50元的平均成交价。
北京碳交易所总经理梅德文认为，如果碳配额分配过于宽松，企业就没有动力进行交易，碳价格上不去，这不利于市场的良性发展。“碳市场的作用就是通过价格机制引导碳排量这个稀缺产品的交易，如果价格过低，就无法形成交易，”梅德文表示。
蒋兆理告诉中外对话，只有碳价达到200-300元每吨，企业才能够真正感受到减排的压力，而他预计中国碳市场的成交价2020年后才能达到这一水平。那也就意味着，要到2020年之后，碳市场的减排作用才会显现。
全国碳市场将实行的中央和地方两级管理制度也令人对可能出现的地方保护主义有所担心：中央政府负责制定企业碳排放的核算标准，配额分配的基本原则，监督管理相关的第三方核查机构和交易平台，但中央政府不会直接向任何一家企业分配配额，而是由地方政府执行。
另外，值得注意的是，中国碳市场的碳减排目标是碳强度的下降而非绝对减排量，这一方面保护了中国企业参与碳交易的积极性，另一方面也令人对碳市场的实际减排效果有所顾虑。
蒋兆理认为，碳市场是推动减排的诸多手段之一，在理想状况下，碳市场可以和能源政策、经济政策、环境气候政策相互配合，一同发挥作用。
他认为，目前中国碳市场对于能源结构转型的作用还相对有限，在它至少会推动企业向同一行业内的减排优等生看齐；而由于中国大部分的碳排放量都将被全国碳市场覆盖，“碳市场对于中国承诺的碳排放2030年左右达峰，碳强度到2030年下降60%-65%还是会有重要的贡献。”